念珠菌感染的治疗药物需根据感染部位等情况选择，一般局部念珠菌感染可选用克霉唑等药物，全身念珠菌感染可能需要用氟康唑等。比如局部外阴阴道念珠菌病，常用克霉唑制剂等。
局部念珠菌感染常用药物
外阴阴道念珠菌病常用药：克霉唑制剂是常见选择，有克霉唑栓等，能抑制念珠菌生长。硝酸咪康唑制剂也可用于局部，像硝酸咪康唑栓，能通过干扰念珠菌细胞膜合成发挥作用。皮肤念珠菌病常用药：可以使用联苯苄唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜合成，起到抗念珠菌的效果。酮康唑乳膏也能用于皮肤念珠菌感染，通过抑制真菌麦角固醇合成来发挥作用。
全身念珠菌感染常用药物
氟康唑：是治疗全身念珠菌感染常用的药物之一，它能特异性地抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻断真菌细胞膜麦角固醇的生物合成，从而发挥抗真菌作用。对于一些较为严重的全身念珠菌感染，氟康唑常被选用。伊曲康唑：也可用于全身念珠菌感染的治疗，它同样是通过影响真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌功效，可用于治疗多种念珠菌引起的感染。
特殊人群用药注意
孕妇念珠菌感染：孕妇患念珠菌感染时用药需谨慎，一般局部用药相对更安全，比如可以选用对胎儿影响较小的克霉唑制剂等局部药物，尽量避免使用全身吸收较多的药物，以免对胎儿产生不良影响，具体用药需在医生评估后选择。儿童念珠菌感染：儿童患念珠菌感染时，用药要格外小心，一般局部感染可选用刺激性较小的药物，如儿童专用的克霉唑乳膏等，全身用药需严格遵医嘱，因为儿童的肝肾功能等发育尚未完全成熟，药物代谢等与成人不同，要避免使用可能对儿童器官造成损伤的药物。