细菌性阴炎是由阴道内正常菌群失调引起的一种混合感染，其中乳杆菌减少，加德纳菌及厌氧菌等增加是主要原因。正常情况下，阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势，当发生细菌性阴炎时，阴道内乳杆菌数量可减少50%以上。
阴道菌群失衡因素
阴道环境改变： 长期使用抗生素会抑制乳杆菌生长，破坏阴道正常菌群平衡，从而有利于厌氧菌等过度繁殖引发细菌性阴炎。比如连续使用广谱抗生素超过1周，就可能增加患病风险。性生活相关因素： 频繁性交、多个性伴侣等会改变阴道的pH值等环境，容易打破阴道菌群的稳定状态，增加细菌性阴炎的发生几率。有研究表明，性伴侣数量大于等于3个的女性，患细菌性阴炎的可能性比性伴侣单一的女性高约30%。
局部卫生习惯影响
过度清洁： 部分女性习惯用洗液频繁冲洗阴道，这会破坏阴道自身的酸碱平衡和正常菌群，使得阴道抵御外界病菌的能力下降，为细菌滋生创造条件。一般建议每周用清水清洗外阴1 - 2次即可，过度冲洗不可取。卫生用品选择不当： 使用不合格的卫生棉、卫生巾等，或者长时间不更换卫生用品，会导致局部潮湿、不透气，给细菌的生长繁殖提供适宜环境，进而引发细菌性阴炎。比如选用了质量差、透气性差的卫生巾，使用后局部温度和湿度升高，利于细菌繁殖。
其他潜在因素
免疫力下降： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病未得到良好控制，或者长期处于疲劳状态、接受化疗等情况，阴道局部的防御功能会减弱，容易受到细菌侵袭引发细菌性阴炎。糖尿病患者血糖控制不佳时，阴道内糖原含量升高，pH值改变，更利于细菌生长。