舌下腺囊肿主要通过手术治疗，一般采用舌下腺切除术，这是根治的方法，手术通常需要在局部麻醉下进行，手术时间较短，大约30~60分钟左右。
手术治疗方式
口内途径手术：适用于单纯型舌下腺囊肿。手术时在口内舌下区做切口，将舌下腺完整摘除，这样囊肿就会随之消失。这种手术方式面部不会留下疤痕，对外观影响较小，但要注意术后保持口腔清洁，避免感染。口外途径手术：适用于口外型舌下腺囊肿。需要从颈部做切口，将舌下腺摘除，同时处理口外的囊肿部分。这种手术方式对于较大的口外型囊肿更适用，但颈部可能会留下一定的疤痕。
非手术治疗方法
穿刺抽液：可以先将囊肿内的液体抽出，然后注入硬化剂，如碘酊等。不过这种方法复发率较高，一般只能作为暂时缓解症状的方法，不能彻底根治。比如部分患者抽液后不久囊肿又会复发。袋形缝合：对于一些不能耐受手术的患儿等情况，可以采用袋形缝合术。将囊肿切开，使囊肿与口腔黏膜相通，形成一个囊腔，让囊液可以引流到口腔中。但这种方法也容易复发，需要后续再考虑手术根治。
术后注意事项
饮食方面：术后短期内要吃软食，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，以防刺激手术部位，影响伤口愈合。一般术后1~2天可以吃流质或半流质食物，如牛奶、粥等，之后逐渐过渡到软食。口腔卫生：要保持口腔清洁，每天饭后和睡前都要刷牙漱口，防止食物残渣在口腔内残留，引起伤口感染。可以使用漱口水辅助清洁口腔，如氯己定含漱液等，但要按照说明书正确使用。伤口观察：密切观察伤口的情况，看是否有出血、红肿、疼痛加剧等异常情况。如果发现伤口有异常，应及时复诊。一般术后7天左右可以拆线，拆线后也需要继续注意口腔护理和伤口恢复情况。