衣原体感染主要是由衣原体这种微生物引起的。衣原体分为肺炎衣原体、沙眼衣原体等不同类型，其感染的原因主要有以下几方面。
性传播途径导致感染
与感染者发生无保护性行为： 沙眼衣原体等可通过性接触传播。在性活跃人群中，如果与携带衣原体的性伴侣发生无保护的性行为，如阴道性交、肛门性交或口交等，就很容易被感染。据相关统计，在有多个性伴侣的人群中，衣原体感染的发生率会明显升高。性伴侣数量多： 拥有多个性伴侣的人感染衣原体的风险显著增加。因为接触到衣原体传染源的机会增多，一旦其中一个性伴侣携带衣原体，就容易通过性接触传播给其他人。
母婴传播引发感染
分娩时感染： 孕妇如果感染了衣原体，在分娩过程中，胎儿经过产道时就可能被感染。例如，孕妇患有沙眼衣原体感染，新生儿通过产道时，眼部可能被感染引发新生儿沙眼，呼吸道也可能被感染导致肺炎等疾病。孕期感染未及时治疗： 如果孕妇在孕期感染了衣原体且没有得到及时有效的治疗，那么将衣原体传播给胎儿的风险会大大增加。所以孕妇在孕期进行相关检查，及时发现衣原体感染并处理很重要。
密切接触间接感染
共用个人物品： 比如与衣原体感染者共用毛巾、浴巾、浴盆等个人物品，在一定条件下也可能感染。虽然这种情况相对性传播和母婴传播来说感染几率较低，但如果个人卫生习惯不佳，皮肤或黏膜接触到被衣原体污染的物品，也有可能被感染。例如，在公共浴室、游泳池等场所，如果物品被衣原体污染，其他人接触后就有感染风险。在卫生条件差的环境中生活： 在卫生条件较差、人群密集的环境中，衣原体传播的机会增多。比如集体生活的人群，如学生宿舍、工厂宿舍等，如果有人感染衣原体，就可能通过密切接触等方式在人群中传播。