如果刚怀孕上厕所时发现纸上有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.着床出血：怀孕后受精卵在子宫壁上着床，可能会导致轻微的出血，表现为褐色分泌物。这种情况通常发生在受孕后的1-2周内，是正常的怀孕现象，一般不需要特殊处理，但需注意休息。
2.宫颈息肉：怀孕后，体内激素水平变化可能会导致宫颈息肉出血，表现为褐色分泌物。通常还会伴有白带异常、下腹坠胀等不适。如果息肉较大，可能会影响顺产，需要在医生指导下进行处理。
3.先兆流产：如果褐色分泌物伴有腹痛、阴道流血等症状，可能是先兆流产的表现。可能与胚胎发育不良、孕妇过度劳累、孕激素水平低等因素有关。需要及时就医，进行保胎治疗。
4.其他：胎盘前置、宫外孕等也可能导致怀孕后阴道出血。
总之，怀孕后出现褐色分泌物需要引起重视，建议及时就医，进行相关检查，如孕酮、B超等，以确定原因，并采取相应的措施。同时，要注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快。