怀孕初期上厕所时发现流出褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕后，尤其是怀孕早期，胚胎着床不稳定，可能会出现先兆流产，导致阴道少量出血，血液在阴道内停留时间较长，就会呈现褐色。除了褐色分泌物，还可能伴有下腹部疼痛、腰酸等症状。如果是先兆流产，需要及时就医，进行保胎治疗。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外的部位着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，胚胎发育不良，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起大出血，甚至危及生命。宫外孕也会导致怀孕初期阴道出血，颜色可为褐色或鲜红色，并伴有一侧下腹部隐痛或胀痛。如果是宫外孕，需要及时就医，进行手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，病因尚不清楚。葡萄胎患者的子宫大于停经月份，质软，血清HCG水平异常升高。怀孕后，葡萄胎会导致子宫蜕膜血管破裂，引起阴道出血，血液在阴道内停留时间较长，就会呈现褐色。如果是葡萄胎，需要及时清宫，并进行预防性化疗。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是宫颈慢性炎症的一种表现，息肉质地脆弱，血管丰富，在同房或剧烈运动后，可能会导致息肉表面毛细血管破裂，引起阴道出血，颜色可为褐色或鲜红色。如果是宫颈息肉，需要进行息肉摘除术，并送病理检查。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、子宫内膜息肉等也可能导致怀孕初期阴道出血，颜色可为褐色或鲜红色。
总之，怀孕初期上厕所时发现流出褐色分泌物，需要引起重视，及时就医，进行相关检查，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意休息，避免劳累和剧烈运动，禁止同房，保持外阴清洁卫生。如果出血量增多或伴有其他不适症状，应立即就医。