先天性心脏病并不是某一种特定的单一疾病，而是胎儿时期心脏及大血管发育异常导致的先天性畸形，其发生是多种因素综合作用的结果。据统计，先天性心脏病的发病率约为活产婴儿的0.4%~1%左右。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 如果家族中有直系亲属患有先天性心脏病，那么后代患先天性心脏病的风险会有所增加。研究发现，某些单基因遗传疾病可引起先天性心脏病，比如21-三体综合征（唐氏综合征）患儿常合并先天性心脏病，其遗传方式与染色体异常相关。特定基因突变： 一些特定的基因突变可能与先天性心脏病的发生有关，例如NOTCH1基因等发生突变时，可能影响心脏的正常发育过程，增加先天性心脏病的发病几率，但这种情况相对较为少见，是基于特定的基因研究发现的关联。
环境因素影响
母体孕期感染： 孕妇在怀孕早期（尤其是前3个月）如果感染了风疹病毒、巨细胞病毒等，这些病毒可能通过胎盘影响胎儿心脏的发育，导致先天性心脏病。有研究表明，孕妇孕期感染风疹病毒，胎儿患先天性心脏病的风险会明显升高。孕期接触不良物质： 孕妇在孕期接触某些有害物质也可能增加胎儿患先天性心脏病的风险。比如长期接触放射性物质、某些化学毒物（如农药、甲醛等），这些物质可能干扰胎儿心脏的正常发育过程，导致心脏结构出现异常。
其他相关因素
孕期用药不当： 孕妇在孕期如果不合理使用某些药物，也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。例如，孕妇在早期服用某些抗癫痫药物等，可能增加胎儿患先天性心脏病的风险，但不同药物的影响程度和机制各不相同，需要在医生指导下谨慎用药。孕期患有代谢性疾病： 孕妇如果患有糖尿病等代谢性疾病，在孕期血糖控制不佳时，会影响胎儿心脏的发育，使得胎儿发生先天性心脏病的概率增加。因为高血糖环境可能干扰胎儿心血管系统的正常形成过程。