毛囊炎的治疗药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能有效抑制毛囊炎部位的细菌感染，通常可以每天外用2 - 3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，像金黄色葡萄球菌等导致的感染，直接涂抹在毛囊炎患处，能起到杀菌消炎的作用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌也有良好的抗菌活性，适用于轻度到中度的毛囊炎情况，每天涂抹2 - 3次，能帮助减轻炎症和感染症状。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果是由真菌感染引起的毛囊炎，比如马拉色菌感染导致的，使用酮康唑乳膏就比较合适。它可以抑制真菌的生长繁殖，一般需要每天外用1 - 2次，连续使用一段时间来治疗真菌感染性毛囊炎。特比萘芬乳膏： 同样用于治疗真菌性毛囊炎，能干扰真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用，用法也是每天外用1 - 2次。
中药类外用药
如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效，将其用醋或白酒调成糊状后涂抹在毛囊炎患处，能缓解红肿热痛等症状。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可促进局部炎症的吸收，对于有化脓倾向的毛囊炎有一定的治疗作用，外用时涂抹在患处即可。
口服药物情况
如果毛囊炎比较严重，或者是反复发作的情况，可能会需要口服药物。比如细菌感染严重时，可能会口服头孢类抗生素，像头孢呋辛酯等，但具体要根据病情由医生来决定是否使用口服药以及选择哪种口服药。不过口服药物一般是在局部用药效果不佳或者病情比较严重时才会考虑，而且使用口服药需要严格遵循医生的指导。