毛囊炎的治疗药物有多种，一般局部外用药物为主，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能帮助减轻毛囊炎引起的红肿、疼痛等症状。
一、外用抗生素类药物
1. 莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎，它可以抑制细菌的蛋白质合成，从而发挥抗菌功效。一般直接涂抹在患处，每天2 - 3次。需要注意的是，对莫匹罗星过敏的人不能用。2. 夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性。使用时取适量均匀涂抹于患处，一日2 - 3次。孕妇及哺乳期妇女需在医生指导下使用。
二、抗真菌类药物
1. 酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的代谢。用法是局部外用，早晚各一次，涂抹后轻轻揉擦直至药物吸收。使用时要避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等），如果用药部位有烧灼感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。2. 特比萘芬乳膏： 同样用于真菌性毛囊炎，它能特异性地干扰真菌固醇的早期生物合成，从而发挥抗真菌作用。外用，一日1次，涂抹于患处，并轻揉片刻。孕妇及哺乳期妇女慎用，对特比萘芬过敏者禁用。
三、中药类外用药物
1. 如意金黄散： 用醋或酒调成糊状后外敷在毛囊炎患处，有清热解毒、消肿止痛的作用。一般一天敷1 - 2次。使用时要注意保持药物湿润，避免干燥，皮肤破溃处不宜使用。2. 龙珠软膏： 具有清热解毒、消肿止痛、去腐生肌的功效。外用时取适量涂抹于患处，一日1次。使用过程中如果出现局部红肿、疼痛加重或皮疹等过敏表现，应停用。