巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见类型，其症状表现多样。一般来说，约1/3的患者可能没有明显症状，但多数患者会出现以下情况。
一、月经相关症状
痛经： 这是巧克力囊肿比较典型的症状之一，多为继发性痛经，且呈进行性加重。也就是说，患者原本可能没有痛经或者痛经较轻，随着病情发展，痛经会越来越严重，有的患者从月经前1 - 2天就开始出现痛经，一直持续到整个经期结束。月经异常： 可能表现为月经量增多、月经周期紊乱等。比如月经量较以往明显增多，或者月经周期提前或推迟，原本规律的28 - 30天月经周期变得不规律。
二、盆腔相关症状
盆腔疼痛： 除了痛经外，还可能有盆腔的慢性疼痛。在非月经期间也可能出现下腹部的隐痛、胀痛等，尤其是在性交时可能会感到疼痛。如果巧克力囊肿发生破裂，还会引起突然的剧烈腹痛，这种情况比较危急，需要及时就医。盆腔包块： 有的患者自己能在下腹部摸到包块，尤其是在月经后半期，包块可能会增大，月经结束后包块可能会有所缩小，但不会完全消失。
三、生育相关症状
影响受孕： 巧克力囊肿会对卵巢的正常功能产生影响，干扰排卵以及受精卵的着床，从而导致女性受孕困难。据统计，患有巧克力囊肿的女性不孕的发生率相对较高，大约有30% - 50%的患者会出现不孕的情况。而且即使怀孕了，也可能增加流产的风险。