巧克力囊肿的主要症状包括以下几个方面：
1.痛经：痛经是巧克力囊肿最常见的症状之一，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经。可发生在月经前、月经时及月经后。
2.性交痛：这也是一个明显的信号，深部性交痛，月经前期性感不快加重。
3.月经失调：内在性子宫内膜异位症，月经量往往增多，经期延长。可能由于内膜增多所致，但多伴有卵巢功能失调。
4.其他：性交不快甚至性交痛，便秘，尿频，尿急，周期性血尿和输尿管积水等症状。
巧克力囊肿是一种常见的妇科病，如果不及时治疗，可能会导致以下后果：
1.不孕：巧克力囊肿可导致盆腔粘连、输卵管堵塞等，从而影响受孕。
2.流产：巧克力囊肿可能导致子宫内膜异位症，从而影响受精卵的着床和发育，增加流产的风险。
3.恶变：巧克力囊肿有一定的恶变几率，需要引起重视。
如果出现上述症状，建议及时就医，进行相关检查和治疗。目前，巧克力囊肿的治疗方法主要包括药物治疗、手术治疗和介入治疗等。具体治疗方法应根据患者的年龄、症状、生育要求等因素综合考虑。