肾结石的形成与多种因素相关。一般来说，尿液中某些物质浓度过高，析出结晶并逐渐形成结石，比如尿液中钙、草酸、尿酸等成分浓度异常时就容易引发肾结石。有数据显示，全球范围内肾结石的发病率呈上升趋势。
代谢异常导致
尿液中成分比例失调： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就容易形成结晶。例如，尿钙排泄增加，超过了尿液的溶解能力，就可能形成含钙的肾结石；尿酸排泄过多，尿液尿酸浓度升高，在酸性环境下容易形成尿酸结石。枸橼酸等抑制物减少： 尿液中的枸橼酸等物质可以抑制结石成分的结晶形成和聚集，如果这些抑制物减少，也会增加肾结石形成的风险。比如一些疾病或者药物可能会导致枸橼酸分泌减少。
局部因素影响
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、肿瘤等情况时，尿液排出受阻，尿液中的晶体物质就容易在局部沉积，进而形成结石。像输尿管狭窄的患者，就比尿路通常的人更易长肾结石。感染因素： 尿路感染时，细菌、脓块等可以作为核心，促使晶体附着形成结石。而且感染产生的尿素酶可以分解尿液中的尿素，使尿液碱化，促进磷酸镁铵及磷酸钙沉积，形成感染性结石。
生活方式相关
饮水不足： 长期饮水过少，会使尿液浓缩，尿液中结石形成的物质浓度升高，容易析出结晶形成结石。建议每天饮水量应保持在2000 - 3000毫升以上，若喝水少就增加了患肾结石的几率。饮食不合理： 高草酸饮食是常见诱因，比如经常大量吃菠菜、甜菜、坚果等富含草酸的食物，会使尿液中草酸含量升高，容易形成草酸钙结石；高嘌呤饮食，像经常吃动物内脏、海鲜等，会使尿酸生成增多，增加尿酸结石形成的可能；另外，高盐饮食会使尿液中钙排泄增加，也不利于预防肾结石。运动量过少： 长期缺乏运动，会导致尿液中的晶体物质更容易在肾脏部位沉积，增加肾结石形成的风险。适当运动有助于尿液流动，减少晶体沉积。