脑炎是脑实质受病原体侵袭导致的炎症性病变，引起脑炎的原因有多种。比如病毒感染是常见原因之一，像肠道病毒可在夏秋季引发脑炎，约占病毒性脑炎的1/3左右；疱疹病毒也能导致脑炎，单纯疱疹病毒是其中较为常见的类型。
感染性因素引起
病毒感染：除了上述的肠道病毒和疱疹病毒，还有腮腺炎病毒也可引起脑炎，它多发生在腮腺炎发病后的2 - 3周左右。另外，淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒感染也会导致脑炎，这种病毒可通过携带病毒的啮齿动物传播。细菌感染：肺炎链球菌可引发化脓性脑炎，在儿童和老年人中相对更易感染。结核分枝杆菌也能引起结核性脑炎，通常是由身体其他部位的结核病灶血行播散至脑部所致。真菌感染：新型隐球菌是常见的引起真菌性脑炎的病原体，它多存在于土壤、鸽粪等环境中，免疫力低下的人群更容易被感染，比如艾滋病患者就属于易感人群。
自身免疫性因素引起
自身免疫性脑炎：有些自身免疫性脑炎与肿瘤相关，例如卵巢畸胎瘤可能会引发抗NMDA受体脑炎，患者会出现精神行为异常、癫痫发作等多种症状。还有一些自身免疫性脑炎是由于机体自身免疫系统错误攻击脑组织中的特定抗原引起，目前具体的抗原靶点还在不断研究中，但这类脑炎一般需要进行免疫调节治疗。
其他因素引起
寄生虫感染：脑型疟疾是由疟原虫感染引起的，主要通过按蚊叮咬传播，在疟疾流行地区较为常见。还有旋毛虫感染也可能累及脑部，多是因为食用了未煮熟的含有旋毛虫幼虫的肉类所致。其他不明原因：部分脑炎患者经过各项检查后，仍无法明确具体的致病因素，可能与个体的特殊体质或者某些尚未被完全认识的病原体相关，但这并不意味着病因不存在，只是目前的检测手段还未能发现。