小儿包茎的处理需根据具体情况而定。对于大部分新生儿及小婴儿的生理性包茎，一般无需特殊处理，随着年龄增长，部分可自然缓解。但如果出现反复感染等情况则需干预。
观察等待情况
对于无明显症状的小儿包茎，尤其是1岁以内的婴儿，多数属于生理性包茎，可先观察等待。一般随着孩子生长发育，阴茎头逐渐外露，包茎情况可能会改善。在观察期间，要注意保持局部清洁卫生，每天可以用温水轻轻清洗阴茎部，但要注意动作轻柔，避免强行上翻包皮。
非手术干预情况
手法翻转法
当小儿超过3 - 4岁，包茎仍未改善且无感染时，可尝试手法翻转。由家长轻柔地将包皮向上翻转，每次翻转后要及时将包皮复位，防止嵌顿。但要注意，操作时力度一定要轻柔，避免给孩子造成损伤。一般建议在孩子洗澡后，包皮处于相对松弛的状态下进行操作，每次翻转不宜过于用力，以孩子没有明显 discomfort 为宜。
局部消毒护理
如果小儿包茎伴有局部轻微炎症表现，如轻度红肿等，可进行局部消毒护理。使用碘伏等温和的消毒剂，按照从内向外的顺序轻轻擦拭阴茎头和包皮内板，每天1 - 2次，保持局部清洁，防止炎症进一步加重。但消毒时要注意避免消毒剂流入尿道等敏感部位。
手术干预情况
手术时机选择
当小儿包茎出现反复感染，一年发作3 - 4次及以上；或者发生了包皮嵌顿，手法复位不成功时，就需要考虑手术治疗。一般建议在孩子5 - 10岁左右进行手术较为合适，此时孩子的身体发育情况相对适合手术，术后恢复也相对较快。
手术方式
目前常见的小儿包茎手术方式有包皮环切术等。手术是在局部麻醉下进行，医生会将多余的包皮切除，使阴茎头能够外露。术后要注意伤口的护理，按照医生的要求定期换药，保持伤口清洁干燥，避免尿液污染伤口，一般术后1周左右伤口可基本愈合。