3岁宝宝发烧39度的处理要依据宝宝精神状态与高温持续时间。具体为：
一、若3岁宝宝发烧39度但精神状态佳，无不良反应且不影响日常生活，可不特殊处理，持续观察并多补充水分即可。
二、要是3岁宝宝发烧39度且精神状态差并伴有咳嗽、腹痛等症状，则需及时退热处理，可采用如下方式：
1.药物治疗：可遵医嘱服用布洛芬片、对乙酰氨基酚片等退烧药，其退烧效果良好，能防止高热惊厥的发生。同时要尽快前往医院进行相关检查，以明确发热病因，进而针对病因展开后续治疗。
2.物理降温：服用退烧药后，可通过温水擦拭身体、调整环境温度等物理降温手段来帮助降低体温，能有效缓解宝宝发热过度情况。同时，宝宝发烧39度可能会出汗致衣服潮湿，需给宝宝换上干燥衣服，利于散热。
总之，3岁宝宝发烧39度时，要根据具体情况选择合适的处理方法，密切关注宝宝状态，确保宝宝的健康和安全。