慢性肠胃炎常见的症状有腹痛，多为隐痛或胀痛，疼痛部位多在肚脐周围或上腹部，疼痛程度一般较轻，可能会持续数分钟到数小时不等。另外，还可能出现腹泻，一般为间断性腹泻，大便次数可能会增多，一天可能会有3~5次甚至更多，大便性状多为稀便，有时可能会出现糊状便。
胃肠道不适表现
腹胀情况： 患者常感觉腹部胀满，尤其是进食后较为明显，有的患者腹胀会持续数小时甚至一整天。恶心呕吐： 部分慢性肠胃炎患者会出现恶心症状，严重时可能会伴有呕吐，呕吐物多为胃内的容物，一般为少量。
全身伴随症状
乏力表现： 患者会感到全身没有力气，精神状态较差，日常活动容易疲倦，这种乏力感可能会持续较长时间，影响生活和工作。体重变化： 有的患者会出现体重下降，这是因为胃肠道消化吸收功能受到影响，营养物质不能很好地被吸收，长期下来就会导致体重减轻，如果病程较长，体重可能会有较明显的下降。
其他相关症状
食欲减退： 患者对食物的兴趣降低，吃饭量明显减少，看到食物没有明显的进食欲望。大便异常细节： 除了腹泻，有的患者大便可能会带有黏液，甚至少数患者可能会出现少量便血的情况，但一般出血量较少，不容易被发现。