慢性肠胃炎常见的症状有腹痛，多数人会出现间断性隐痛，疼痛程度不一，一般持续数分钟至数小时不等。另外，还常伴有消化不良的表现，比如食欲不振，大约有30% - 50%的慢性肠胃炎患者会出现进食后饱胀感，或者食物在胃内排空延迟的情况。还有部分患者会有腹泻症状，一般每天排便3 - 5次左右，大便多为稀糊状，有的可能带有少量黏液。
消化系统症状表现
腹胀： 慢性肠胃炎患者胃肠道蠕动功能可能会出现紊乱，导致气体在肠道内积聚，从而引起腹胀，这种腹胀感在进食后往往会加重，大约有40% - 60%的患者会有不同程度的腹胀表现。恶心呕吐： 少数患者会出现恶心，偶尔可能会伴有呕吐，尤其是病情较重或者受到某些刺激时，呕吐症状可能会更明显一些。
全身症状体现
疲劳乏力： 由于慢性肠胃炎会影响营养物质的吸收，长期下来患者可能会出现疲劳乏力的感觉，大约有20% - 30%的患者会有这种全身不适的表现。体重减轻： 如果病情持续时间较长，患者营养吸收不良，可能会出现体重减轻，一般来说，数月内体重可能会下降1 - 3公斤左右，但具体情况因人而异。
其他可能伴随症状
贫血： 部分慢性肠胃炎患者可能会出现贫血，这是因为胃肠道吸收铁、维生素B12等造血原料的功能受到影响，长期贫血的患者面色会比较苍白，大约有10% - 20%的慢性肠胃炎患者会合并贫血。大便异常改变： 除了前面提到的腹泻，有的患者可能会出现便秘与腹泻交替的情况，比如一段时间腹泻，过一段时间又出现便秘，这种情况大约占15% - 25%左右。