男性尿道感染主要是由细菌等病原体入侵尿道引起的。比如，大约有90%的男性尿道感染是由革兰阴性杆菌导致的，其中大肠杆菌最为常见。
病原体入侵途径
上行感染： 这是最主要的途径，细菌从尿道口进入，沿着尿道上行到膀胱、输尿管甚至肾脏。比如，不注意尿道口的清洁卫生，就容易让细菌有可乘之机。女性相对男性尿道短，所以女性尿道感染更常见，但男性如果不注意，也会发生上行感染。血行感染： 身体其他部位的感染病灶，比如皮肤感染、呼吸道感染等，细菌可通过血液循环到达尿道引起感染。不过这种情况相对较少见。
自身因素影响
局部卫生不佳： 男性如果不经常清洗会阴部，包皮垢等容易积聚，为细菌滋生提供了良好的环境。特别是包皮过长的男性，更容易出现局部卫生问题，从而增加尿道感染的风险。机体免疫力下降： 当男性身体免疫力降低时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，身体抵御细菌的能力减弱，就容易发生尿道感染。例如，糖尿病患者血糖控制不佳时，尿液中含糖量高，有利于细菌生长繁殖，进而引发尿道感染。
医源性因素
器械检查： 进行导尿、膀胱镜检查等器械操作时，如果消毒不严格，就可能将细菌带入尿道，引起感染。一般来说，这类操作后1 - 3天内是尿道感染的高发期。尿道内置入异物： 比如留置导尿管、尿道内放置结石 retrieval 器械等，异物会破坏尿道黏膜的屏障功能，使细菌容易定植繁殖，导致尿道感染。