男性尿道感染通常是由病原体入侵引起的，比如大约有90%的尿道感染是由革兰阴性杆菌导致的，其中以大肠埃希菌最为常见。
病原体入侵途径
上行感染：这是最主要的感染途径。细菌从尿道口进入，沿着尿道向上蔓延至膀胱、输尿管甚至肾脏。比如不注意尿道口的清洁卫生，细菌就容易顺着尿道往上走。血行感染：身体其他部位的感染病灶，比如皮肤感染、扁桃体炎等，细菌可通过血液循环到达尿道引起感染。不过这种情况相对较少见。
自身因素影响
尿路梗阻：如果男性存在尿路结石、前列腺增生等情况，会导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，为细菌滋生提供了良好的环境，容易引发尿道感染。例如前列腺增生患者，随着年龄增长，发病率会升高，50岁以上男性前列腺增生发生率较高，而增生的前列腺会压迫尿道，影响尿液排出。免疫力低下：当男性自身免疫力较差时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，身体抵御细菌的能力下降，就更容易受到细菌侵袭引发尿道感染。像糖尿病患者血糖控制不佳时，尿液中含糖量高，利于细菌生长繁殖。
不良生活习惯
不注意个人卫生：长时间不清洗会阴部，或者不勤换内裤，尿道口周围的细菌就会增多，容易侵入尿道引发感染。特别是一些从事体力劳动或经常出汗的男性，更要注意保持会阴部清洁。不洁性生活：性生活时不注意卫生，容易将外界细菌带入尿道，引发感染。比如不洁的性行为可能会传播淋球菌、衣原体、支原体等病原体，从而导致尿道炎等尿道感染问题。