消化不良通常由多种因素引起，比如饮食方面，若短期内进食过多高脂、高糖、辛辣刺激的食物，就容易引发消化不良，有研究显示，约有20%的消化不良患者是因饮食不当导致。
一、饮食相关因素
进食速度过快：如果吃饭时狼吞虎咽，没有充分咀嚼食物，会加重胃肠道的消化负担，食物不能被很好地消化分解，从而引发消化不良。一般来说，正常吃饭每口食物建议咀嚼15 - 20次再下咽。饮食不规律：长期饥一顿饱一顿，或者经常暴饮暴食，都会打乱胃肠道的正常消化节律，影响胃肠道的消化功能，导致消化不良。比如有些人为了减肥过度节食，之后又大量进食，就很容易出现消化不良情况。
二、胃肠道疾病因素
慢性胃炎：患有慢性胃炎时，胃黏膜存在炎症病变，会影响胃的蠕动和消化液的分泌，使得食物在胃内的消化过程受阻，进而引发消化不良。据统计，约30% - 40%的慢性胃炎患者会出现消化不良的症状。胃溃疡：胃溃疡患者的胃黏膜有溃疡病灶，进食后胃酸分泌刺激溃疡面，会引起疼痛不适，同时也会影响胃的消化功能，导致食物消化迟缓，出现消化不良表现。
三、精神心理因素
长期压力过大：当人体处于长期高压力状态时，会影响神经系统对胃肠道的调节，导致胃肠蠕动减慢，消化液分泌减少，从而引发消化不良。比如上班族长期面临工作压力，就较容易出现消化不良问题。焦虑或抑郁情绪：患有焦虑症或抑郁症的人，其胃肠道功能往往会受到影响，出现消化不良的症状，有研究发现，约50%的焦虑症患者同时存在消化不良的情况。