消化不良通常由多种原因引起，比如功能性消化不良可能有20%~40%的人群受其影响。
一、胃肠道因素
胃肠动力障碍： 正常情况下胃肠蠕动有一定节律来推动食物消化和排空，若胃肠动力出现障碍，比如胃排空延迟，食物在胃内停留时间过长，就会引起消化不良。像老年人胃肠功能本身衰退，胃肠动力相对较弱，更容易出现这种情况。幽门螺杆菌感染： 幽门螺杆菌是一种寄生在胃内的细菌，它感染人体后会破坏胃黏膜的正常结构和功能，影响胃的消化功能，有研究显示，约50%的消化不良患者伴有幽门螺杆菌感染。
二、饮食因素
饮食不规律： 比如经常不吃早餐，或者暴饮暴食，吃饭时间不固定等。长时间不进食会导致胃酸分泌没有食物中和，刺激胃黏膜，而暴饮暴食会加重胃肠消化负担，容易引起消化不良。食物不耐受： 有些人对特定食物不耐受，比如乳糖不耐受者，摄入含乳糖的食物后，乳糖不能被正常消化吸收，在肠道内被细菌分解发酵，产生气体，引起腹胀、腹痛等消化不良症状；还有些人对某些蛋白质类食物不耐受，也会出现消化不良表现。
三、精神心理因素
长期压力过大： 当人长期处于高压力状态下，比如工作压力大、生活琐事多等，会影响神经系统对胃肠功能的调节，导致胃肠蠕动和消化液分泌异常，从而引发消化不良。有调查发现，长期精神压力大的人群中，消化不良的发生率比正常人群高30%。焦虑抑郁情绪： 焦虑、抑郁等不良情绪会干扰大脑皮层对胃肠的调控，使胃肠功能紊乱，出现消化不良症状，比如食欲不振、腹胀等。临床上很多消化不良患者同时伴有不同程度的焦虑或抑郁情绪。