乳腺囊肿的成因较多，其中乳腺结构不良是常见原因之一，约占乳腺囊肿相关病因的30%左右。此外，内分泌紊乱也是重要因素，还有哺乳习惯等方面的影响。
内分泌紊乱因素
激素水平失衡： 女性体内的雌激素和孕激素平衡对乳腺组织的正常状态起着关键作用。当雌激素水平相对过高，或者孕激素水平相对不足时，就可能干扰乳腺的正常结构和功能，增加乳腺囊肿形成的风险。比如，一些长期精神压力大、作息不规律的女性，内分泌容易失调，进而影响乳腺。卵巢功能异常： 卵巢是分泌雌激素和孕激素的重要器官，如果卵巢功能出现异常，如排卵障碍等情况，会导致激素分泌失衡，从而波及乳腺，使得乳腺组织发生变化，增加乳腺囊肿发生几率。
乳腺结构不良因素
乳腺小叶或导管末梢扩张： 乳腺的小叶和导管在正常情况下有其特定的结构和功能。当它们出现末梢扩张时，就可能形成囊肿样的改变。这种结构上的异常是乳腺结构不良引发乳腺囊肿的一个重要病理基础，具体机制与乳腺组织的正常代谢和分泌过程受到影响有关。纤维囊性变： 乳腺的纤维囊性变也是乳腺结构不良的一种表现，在这个过程中，乳腺组织会出现囊性的改变，进而形成乳腺囊肿。这种囊性变是一个逐渐发展的过程，与乳腺组织的纤维成分和腺体成分的异常增生等多种因素相关。
哺乳习惯因素
乳汁排出不畅： 如果在哺乳期时，乳汁排出不顺畅，乳汁在乳腺内积聚，就可能导致乳腺导管扩张形成囊肿。例如，有的产妇乳腺导管较细，或者哺乳姿势不正确等，都可能影响乳汁的正常排出，使乳汁在局部淤积，增加乳腺囊肿的发生风险。乳腺导管堵塞： 哺乳期乳腺导管堵塞也是常见情况，堵塞后乳汁无法正常排出，在导管内积聚，久而久之就可能形成囊肿。这与乳腺导管的生理结构特点以及哺乳过程中的一些细节有关，比如婴儿吸吮力度不够等情况都可能导致导管堵塞。