乳腺囊肿的病因目前尚不十分明确，但可能与以下几方面因素有关。一般认为，内分泌紊乱是重要诱因之一。
内分泌激素失衡相关
乳腺组织对激素敏感： 女性体内的雌激素和孕激素水平失衡时，容易引发乳腺囊肿。比如，长期雌激素水平相对过高，孕激素水平相对不足，会刺激乳腺导管上皮增生，使导管扩张形成囊肿。研究发现，约有60% - 70%的乳腺囊肿患者存在不同程度的内分泌激素失衡情况。泌乳素异常： 泌乳素分泌异常也可能和乳腺囊肿有关。当泌乳素水平升高时，会影响乳腺的正常生理功能，导致乳腺组织出现异常变化，增加乳腺囊肿的发生风险。
乳腺结构不良方面
乳腺导管扩张： 乳腺导管如果发生扩张，分泌物排出不畅，就容易在局部积聚形成囊肿。这种导管扩张可能是先天性的结构异常，也可能是后天各种因素导致的导管堵塞引发的继发性扩张。例如，一些炎症反应可能会导致导管周围组织增生，进而压迫导管，引起导管扩张和囊肿形成。腺泡发育异常： 乳腺的腺泡在发育过程中出现异常，也可能促使乳腺囊肿形成。正常的腺泡发育是有序进行的，如果腺泡发育出现紊乱，细胞分泌的物质不能正常排出和代谢，就会在局部潴留形成囊肿。
生活方式因素影响
情绪因素： 长期处于焦虑、紧张、抑郁等不良情绪状态下，会影响人体的内分泌调节功能。比如，长期精神压力大的女性，体内激素分泌容易紊乱，从而增加乳腺囊肿的发病几率。有调查显示，长期情绪不稳定的女性患乳腺囊肿的概率比情绪稳定的女性高出约40%。饮食因素： 过度摄入高脂肪、高糖的食物，可能会影响体内激素的平衡。例如，大量食用油炸食品、甜食等，会使体内雌激素水平升高，干扰乳腺的正常生理环境，增加乳腺囊肿的发生风险。另外，长期饮酒的女性，乳腺囊肿的发病风险也会有所增加。