脖子上长扁平疣可及时就医，医生指导下的治疗方法包括药物治疗（外用药物、口服药物）、手术治疗、物理治疗等，治疗期间要注意避免搔抓患处，保持局部皮肤清洁干燥。具体如下：
一、外用药物：
1.可遵医嘱外用维A酸乳膏、他扎罗汀乳膏等，能调节脖子部位皮肤上皮细胞增殖以发挥治疗作用。
2.遵医嘱使用水杨酸类药物等，可促进表皮剥脱。
二、口服药物：目前暂无特效口服药物，病情较重时可遵医嘱使用免疫调节剂，如复方丙谷胺西咪替丁片、盐酸左旋咪唑片等。
三、手术治疗：主要是通过将自体疣植入皮下脂肪层的手术方式，可产生抗病毒抗体并清除表皮上的人乳头瘤病毒，降低复发几率，原理与疫苗接种类似。
四、物理治疗：
1.冷冻治疗主要通过液氮低温使皮层坏死或脱落，通常需多次治疗才可达较好效果。
2.激光治疗可选择脉冲染料激光，利用高温使皮损坏死或脱落以去除疣体，治疗时可能会有轻微疼痛。
总之，对于脖子上的扁平疣，有多种治疗方法可供选择，应根据具体情况在医生指导下进行合适的治疗，并做好患处护理。