脖子上长扁平疣可及时就医，医生指导下的治疗方法包括药物治疗（外用药物、口服药物）、手术治疗以及物理治疗，都能取得较好效果，治疗时要注意避免搔抓患处，保持局部皮肤清洁干燥。
一、外用药物：
1.可遵医嘱外用维A酸乳膏、他扎罗汀乳膏等，能调节脖子部位皮肤上皮细胞增殖以实现治疗目的。
2.也可使用水杨酸类药物等，能促进表皮剥脱。
二、口服药物：
目前暂无特效口服药物，病情较重时可遵医嘱使用免疫调节剂，如复方丙谷胺西咪替丁片、盐酸左旋咪唑片等进行治疗。
三、手术治疗：
主要是通过手术将自体疣植入皮下脂肪层，可产生抗病毒抗体并清除表皮上的人乳头瘤病毒，降低复发几率，原理类似疫苗接种。
四、物理治疗：
通常可采取冷冻、激光等方式。冷冻治疗通过液氮低温使皮层坏死或脱落，一般需多次治疗才有较好效果；激光治疗可选择脉冲染料激光，通过高温使皮损坏死或脱落从而去除疣体，治疗时可能会有轻微疼痛。
总之，对于脖子上的扁平疣，可通过多种治疗方法来改善，要根据具体情况选择合适的治疗方式，同时注意相关护理。