纵隔肿瘤良恶性的判断方法主要有以下这些：
一、以组织学标本为依据，不管是通过手术获取还是术前穿刺取得的标本。组织学检查是确定纵隔肿瘤良恶性的重要手段。手术取得的标本能更全面准确地进行分析，而术前穿刺取得的标本也能提供关键信息。
二、术前的无创性检查如CT、磁共振，能提供间接证据。这些影像学检查可以清晰显示纵隔肿瘤的位置、大小、形态等，对于判断肿瘤的性质有一定帮助。如果肿瘤与周围组织间隙不清，且有明显强化，往往提示恶性程度较高或具有侵袭性。
三、通过穿刺病理来明确良恶性。比如胸腺瘤、畸胎瘤、生殖源性肿瘤等，当它们对周围组织脏器有侵犯和浸润时，在影像学上会有相应表现，能提示可能的性质。
四、对于后纵隔和中纵隔的病灶，可进行CT判断。如果是囊肿性且CT值小于30，通常提示为良性。
总之，判断纵隔肿瘤的良恶性需要综合多种方法和检查结果来进行准确评估。