自然流产的原因较为复杂，据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 无论是数目异常还是结构异常都可能导致流产。比如常见的三体综合征，像21 - 三体、18 - 三体等，胚胎染色体出现这样的异常情况，就容易引发自然流产。基因突变： 胚胎自身的基因发生突变，也会影响胚胎的正常发育，从而增加自然流产的风险。
二、母体因素
全身性疾病： 孕妇如果患有严重的感染性疾病，如高热可使子宫收缩导致流产；患有内分泌疾病，像黄体功能不全，会影响孕激素的分泌，使得子宫内膜不能很好地支持胚胎发育，从而增加流产几率；患有糖尿病，血糖控制不佳时也容易出现自然流产。生殖器官异常： 子宫畸形，比如纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎着床和发育；宫腔粘连会使宫腔环境改变，不利于胚胎生长，进而引发自然流产。免疫功能异常： 自身免疫性疾病患者，体内存在针对胚胎的免疫抗体，会攻击胚胎导致流产；同种免疫异常也可能影响胚胎的正常孕育，增加自然流产发生的可能性。
三、父亲因素
精子染色体异常： 父亲的精子染色体如果出现异常，也可能传递给胚胎，影响胚胎发育，增加自然流产的发生概率。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多的有害化学物质，如苯、甲醛、铅等，这些化学物质可能会损害胚胎，导致自然流产。放射性物质接触： 长时间接触高剂量的放射性物质，会对胚胎造成不良影响，增加自然流产的风险。