泌尿系统结石症的治疗方法需根据结石大小、位置等情况来定。一般来说，直径小于0.6厘米的结石有自行排出的可能，而较大的结石则需要采取其他治疗手段。
药物治疗方面
促进排石药物： 常见的有枸橼酸氢钾钠，它可以碱化尿液，增加尿液中结石相关成分的溶解度，有助于小结石的排出。不过，这类药物需要在医生指导下使用，因为它可能会引起一些不良反应，比如胃肠道不适等。溶石药物： 对于尿酸结石等特定类型的结石，别嘌醇等药物有一定的溶石作用。但药物治疗往往有一定的局限性，一般适用于结石较小且病情适合的情况。
非侵入性治疗手段
体外冲击波碎石： 利用冲击波聚焦后击碎体内的结石，使其变成小颗粒，然后随尿液排出体外。这种方法适用于直径在2 - 3厘米以内的肾结石或输尿管上段结石等。一般来说，体外冲击波碎石需要进行1 - 3次，每次间隔时间通常为1 - 2周。治疗后要注意观察尿液中是否有结石碎片排出，同时要多喝水，促进结石排出。大量饮水： 每天饮水量应保持在2000 - 3000毫升以上，通过增加尿量来冲刷尿路，有助于小结石的排出，还能降低结石形成的风险。比如可以多喝白开水、矿泉水等，尽量避免喝含糖饮料等。
侵入性治疗方法
输尿管镜取石或碎石术： 适用于中、下段输尿管结石以及一些较大的肾结石等。医生会通过尿道插入输尿管镜，找到结石后用激光等将结石击碎并取出。术后需要留置尿管等，要注意保持尿道的清洁，避免感染，一般恢复需要1 - 2周左右。经皮肾镜取石术： 对于较大的肾结石，尤其是直径大于2厘米的结石，经皮肾镜取石术是比较常用的方法。医生会通过腰部建立通道，进入肾脏找到结石后取出或击碎结石。这种手术创伤相对较大，术后恢复时间较长，一般需要1 - 2个月才能基本恢复正常活动。