肠道紊乱可以使用一些调节肠道菌群、缓解症状的药物，比如双歧杆菌四联活菌片等。一般来说，针对不同的肠道紊乱表现，用药有所不同。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的肠道紊乱，比如腹泻、便秘等情况。它适用于肠道菌群失调相关的腹泻、便秘、功能性消化不良等。枯草杆菌二联活菌颗粒： 里面包含枯草杆菌和肠球菌等益生菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道菌群的目的，对肠道紊乱有一定的调节作用，常用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、腹胀、消化不良等。
缓解胃肠动力类药物
多潘立酮片： 能促进胃肠蠕动，增加胃排空速度，可用于缓解因胃肠动力不足导致的肠道紊乱，比如腹胀、早饱、恶心、呕吐等症状。但需要注意，孕妇慎用，心脏病患者（心律失常）以及接受化疗的肿瘤患者应用时需慎重，有可能加重心律紊乱。莫沙必利片： 主要是通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的肠道紊乱相关症状，如烧心、反酸、上腹胀、恶心、呕吐等。不过，对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
抑制胃酸及保护胃黏膜类药物
奥美拉唑肠溶胶囊： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞的H+-K+-ATP酶来抑制胃酸分泌，对于因胃酸分泌过多导致的肠道紊乱相关的胃部不适，进而影响肠道功能的情况有一定作用。比如胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病引起胃酸分泌过多，导致肠道紊乱时可使用。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，使用时可能会出现头痛、腹泻、便秘、腹痛等不良反应。铝碳酸镁咀嚼片： 可以中和胃酸，还能保护胃黏膜，当胃酸过多刺激肠道引起不适时，它能起到缓解作用。比如胃酸过多导致的胃痛、胃灼热感（烧心）、酸性嗳气、饱胀等症状，进而改善肠道因胃酸刺激出现的紊乱情况。不过，严重肾功能不全者、低磷血症患者需慎用，偶见便秘、稀便、口干和食欲不振等不良反应。