肠紊乱可以使用调节肠道菌群的药物等，比如双歧杆菌四联活菌片等，一般可在医生指导下选用合适药物，但具体效果因个体差异而异。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善肠紊乱引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。不过，对其中成分过敏者禁用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 包含枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。但要注意，应将本品置于阴凉干燥处保存，避免高温影响药效。
解痉止痛类药物
匹维溴铵片： 是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，能缓解肠功能紊乱所致的疼痛。孕妇慎用，用药期间要避免驾驶或操作机械。山莨菪碱片： 可解除平滑肌痉挛，用于肠紊乱引起的痉挛性疼痛。反流性食管炎、重症溃疡性结肠炎患者慎用，脑出血急性期及青光眼患者禁用。
止泻类药物
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，对消化道黏膜有覆盖能力，并通过与黏液糖蛋白相互结合，从质和量两方面修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，从而达到止泻效果。儿童可安全服用，但过量服用可能引起便秘。盐酸洛哌丁胺胶囊： 用于控制急、慢性腹泻的症状，抑制肠道过度蠕动。不过，肠梗阻、严重脱水或细菌性痢疾早期等患者禁用，五岁以下儿童不宜使用。