宝宝发烧39度且处于熟睡状态，可通过饮食、冷敷、药物等方式来治疗。具体如下：
一、饮食：当宝宝发烧39度处于熟睡中时，要将孩子叫醒，给孩子少量多次喂温开水。这样能促进排泄，从而带走热量以降低体温，而且孩子清醒后其体温调节能力会增强，对降温有帮助。
二、冷敷：宝宝发烧39度处于熟睡状态，还可采取冷敷的方法。可在宝宝的手腕、额头、小腿处放上湿冷毛巾进行降温，待冷敷的毛巾温度升高后再予以更换，如此重复可起到很好的辅助治疗效果。
三、药物：如果使用上述方式对宝宝发烧39度的情况没有取得良好治疗效果，那么宝宝还可在医生指导下使用利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物，同时也可遵医嘱使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚等解热镇痛药物进行治疗。
总结概况提示：对于宝宝发烧39度且熟睡的情况，可根据具体情况选择饮食调节、冷敷或合适的药物进行治疗，以帮助宝宝降低体温，缓解不适，必要时需及时就医并遵循医生的建议进行处理。