宝宝晚上发烧39度，可采取以下措施：
1.服用退烧药：宝宝发烧39度属于高烧，需要服用退烧药来降低体温，如布洛芬或对乙酰氨基酚等。按照药品说明书的剂量和使用方法给宝宝服用，并注意观察宝宝的体温变化和不良反应。
2.物理降温：除了服用退烧药，还可以采用物理降温的方法来帮助宝宝退烧，如温水擦浴、冷敷等。用温水擦拭宝宝的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，或用冷毛巾敷在宝宝的额头、颈部等部位。
3.多喝水：发烧会导致宝宝体内水分流失，因此要及时给宝宝补充水分，让宝宝多喝水或母乳、配方奶等。
4.保持室内通风：保持室内空气流通，温度适宜，避免给宝宝穿过多的衣物，以免影响散热。
5.观察宝宝的症状：密切观察宝宝的体温、精神状态、呼吸等情况，如出现高热不退、呼吸急促、精神萎靡等异常症状，应及时就医。
6.就医：如果宝宝发烧持续不退或出现其他异常症状，应及时就医，以便明确病因，并进行针对性的治疗。
需要注意的是，以上措施仅供参考，如果宝宝的症状持续加重或出现其他异常情况，应及时就医。同时，在给宝宝使用退烧药时，要按照药品说明书的剂量和使用方法进行，避免过量使用。