儿童扁桃体发炎时，常用的药物有抗生素类和清热解毒类等。一般细菌感染引起的扁桃体发炎，可选用青霉素类或头孢类抗生素，比如青霉素，不过要先确认孩子是否对青霉素过敏。通常经过规范用药，多数能在数天内缓解症状。
抗生素类药物
青霉素类： 青霉素对多种细菌有抑制作用，能有效对抗引发扁桃体发炎的常见细菌。但使用前必须做青霉素皮试，若皮试阳性则不能使用。头孢类药物： 头孢菌素类抗生素也是常用的，像头孢克洛等。这类药物抗菌谱较广，不过要注意如果孩子对头孢类药物过敏也是禁止使用的。
清热解毒类药物
中成药： 有不少清热解毒的中成药可用于儿童扁桃体发炎，比如小儿咽扁颗粒。它具有清热利咽、解毒止痛的功效，能缓解扁桃体发炎引起的咽喉肿痛等症状。中药制剂： 还有蓝芩口服液，同样有清热解毒、利咽消肿的作用，可辅助治疗儿童扁桃体发炎。
局部用药
含漱液： 可以使用一些含漱液，比如复方硼砂含漱液，能起到清洁口腔、杀菌消炎的作用，有助于减轻扁桃体发炎部位的炎症。不过儿童使用时要注意避免误咽。含片： 像西瓜霜含片等，含服后能直接作用于扁桃体部位，起到消肿止痛的效果，但要注意年龄较小的儿童可能不会含服，使用时需谨慎。儿童扁桃体发炎用药时要严格遵循医嘱，根据具体病情选择合适的药物。同时，用药过程中要密切观察孩子的症状变化，如果用药后症状没有改善甚至加重，要及时就医调整治疗方案。并且要让孩子多喝水，保持清淡饮食，有助于病情恢复。