长期口腔溃疡可能由多种原因引起。一般来说，长期口腔溃疡超过两周不愈合需警惕。
局部因素导致
口腔创伤： 比如牙齿残根、残冠刺激口腔黏膜，就容易引发长期口腔溃疡。如果有不合适的假牙，长期摩擦口腔组织，也会导致口腔溃疡反复出现。口腔感染： 像白色念珠菌感染，会造成口腔黏膜出现长期的溃疡状况。疱疹病毒感染引发的复发性疱疹性口炎，也可能导致长期口腔溃疡的情况。
全身因素引起
营养缺乏： 当人体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂以及叶酸等营养素时，就容易出现长期口腔溃疡。比如长期挑食、节食的人，很容易发生这类营养素缺乏从而引发口腔溃疡。免疫系统紊乱： 自身免疫性疾病如白塞病，患者会反复出现口腔溃疡，同时还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。还有像系统性红斑狼疮患者，也可能出现长期口腔溃疡的表现。内分泌变化： 女性在月经前后，体内激素水平发生变化，可能会导致长期口腔溃疡。比如有些女性每到月经前期就会出现口腔溃疡，月经结束后有所缓解，但下次月经前又会复发。
其他因素影响
精神因素： 长期精神紧张、焦虑、压力大等，会影响人体的免疫系统和内分泌系统，从而增加长期口腔溃疡的发生风险。例如长期处于高强度工作压力下的上班族，就比较容易出现长期口腔溃疡。遗传因素： 如果家族中有长期口腔溃疡的遗传倾向，那么个体发生长期口腔溃疡的概率可能会增高。比如父母经常长期口腔溃疡，子女发生长期口腔溃疡的可能性相对较大。