子宫内膜异位囊肿的严重程度不能一概而论，其严重程度与多种因素相关。一般来说，约10%-15%的育龄女性会患子宫内膜异位症，其中部分会形成子宫内膜异位囊肿。
病情轻重的影响因素
病变部位： 如果子宫内膜异位囊肿长在卵巢，可能影响卵巢功能，导致排卵异常等问题。比如囊肿较大时，可能破坏卵巢正常组织，影响激素分泌。而如果异位到盆腔其他部位，如直肠子宫陷凹等，可能引起经期疼痛等症状，但相对卵巢部位的影响可能稍轻一些。症状表现： 有些患者可能仅有轻微的经期下腹部不适，这种情况相对不严重；但如果出现严重的进行性加重的痛经，甚至影响日常生活和工作，或者囊肿发生破裂，会引起急性剧烈腹痛，这就比较严重了。例如，有的患者因为囊肿破裂需要紧急手术治疗。
对生育的影响
轻度影响： 较小的子宫内膜异位囊肿，对生育的影响相对较小。据统计，约有30%-40%的子宫内膜异位症患者伴有不孕，但如果囊肿不大，通过药物等治疗后，部分患者仍能自然受孕。重度影响： 较大的子宫内膜异位囊肿可能会破坏盆腔内的正常结构，影响输卵管的功能，导致输卵管粘连、堵塞等，从而明显降低受孕几率。有研究表明，子宫内膜异位囊肿直径大于4cm时，不孕的风险会明显增加。
疾病进展风险
缓慢进展： 大部分子宫内膜异位囊肿生长较为缓慢，可能在数年时间内逐渐增大，但有些患者可能在几年内囊肿大小变化不明显。不过也有少数情况，囊肿会在较短时间内迅速增大。恶变风险： 虽然子宫内膜异位囊肿恶变的几率较低，约为1%左右，但一旦发生恶变，就会严重威胁患者健康，可能需要进行更复杂的治疗，如手术联合放化疗等。所以对于子宫内膜异位囊肿也要密切关注其变化情况，定期进行复查。