结肠炎的治疗需根据不同类型选择合适药物，目前并没有绝对“最好”的药。一般来说，对于轻中度溃疡性结肠炎，常用氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，约50%左右的轻中度患者使用后能得到有效控制。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 它是常用的氨基水杨酸制剂，通过在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸可抑制肠黏膜的前列腺素合成和白三烯释放，从而减轻炎症反应。但部分患者服用后可能出现恶心、呕吐等胃肠道不适。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂的一种，有口服剂型和灌肠剂型。口服美沙拉嗪对于轻中度结肠炎患者有效，灌肠剂型的美沙拉嗪则更针对性地作用于直肠和乙状结肠部位的炎症，局部作用强，全身不良反应相对较少，但可能会有少数患者出现头痛、头晕等症状。
糖皮质激素
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于中重度结肠炎患者有较好的抗炎作用。一般在氨基水杨酸制剂疗效不佳时使用，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等，通常连续使用不宜超过数周。布地奈德： 是局部作用较强的糖皮质激素，主要作用于肠道局部炎症部位，全身副作用相对较小。适用于左半结肠及直肠的结肠炎患者，不过也可能会出现轻微的胃肠道不适等情况。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 常用于慢性反复发作的结肠炎患者，通过抑制免疫反应来发挥作用。一般需要较长时间服用，起效相对较慢，可能会出现骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也是免疫抑制剂的一种，适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，同样存在骨髓抑制等副作用风险，用药过程中要密切关注血常规变化。