包皮上长小疙瘩可能由尖锐湿疣、生殖器疱疹、包皮龟头炎等导致，建议就医并根据具体原因给予针对性治疗。
一、尖锐湿疣：若有过不洁性生活史，感染人乳头瘤病毒而引发尖锐湿疣，就可能使包皮出现小疙瘩。治疗方面，可采用液氮冷冻、激光、电灼等方法将其去除。液氮冷冻是利用液氮产生的低温使疣体组织坏死脱落；激光治疗通过激光的能量精准作用于疣体使其被破坏；电灼则是利用电流产生的热量来清除疣体。
二、生殖器疱疹：感染疱疹病毒后会形成凸起的小疙瘩水泡，同时伴有瘙痒症状。可以使用阿昔洛韦、泛昔洛韦等药物进行治疗。阿昔洛韦能有效抑制病毒的复制和繁殖；泛昔洛韦在体内可转化为有抗病毒活性的物质从而发挥作用。
三、包皮龟头炎：因不注重包皮局部的清洁卫生而引发细菌感染，形成小疙瘩，且伴有红肿现象。这时可外用涂抹莫匹罗星软膏、红霉素软膏等药物来治疗。莫匹罗星软膏对常见的致病菌有较好的抗菌作用；红霉素软膏能起到抗菌消炎的效果。
总之，当发现包皮上长小疙瘩时应及时就医，在医生的指导下正确用药，切不可自行随意用药。