包皮上长小疙瘩可能由多种原因引起。
一、珍珠状阴茎丘疹
多见于青壮年。表现为阴茎冠状沟处环绕排列的珍珠状、半透明小丘疹，颜色多样，可呈白色、黄色或淡红色。一般无自觉症状，长期存在，不恶变，也不影响健康，可能与局部刺激等有关。
二、阴茎皮脂腺异位症
常发生于青春期后。表现为包皮或阴茎黏膜上出现无明显隆起的、针头大小的黄白色小丘疹。多无不适症状，一般不需要特殊处理。
三、尖锐湿疣
由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起。初期为细小淡红色丘疹，逐渐增大增多，可呈菜花状、乳头状等外观，多有不洁性生活史。需及时就医治疗。
四、包皮龟头炎
由于细菌、真菌等感染或局部刺激等原因引起。除了包皮上长小疙瘩外，还可能伴有局部红肿、疼痛、瘙痒等症状，有不洁卫生习惯或局部卫生状况差的人群易发生。