粘液腺囊肿主要的治疗方式是手术切除，一般在门诊就可进行，手术时间通常较短，大概10~30分钟左右。
手术治疗为主
小囊肿的简单切除：对于较小的粘液腺囊肿，医生会局部麻醉后，直接用手术器械将囊肿完整切除。这种方法操作相对简单，术后恢复也比较快。较大囊肿的处理：如果囊肿较大，可能需要做稍复杂的手术，要将囊肿周围部分正常腺体一并切除，防止复发，但整体也是在门诊通过手术解决。
非手术的保守治疗情况
观察等待：对于一些非常小且无症状的粘液腺囊肿，有时可以先观察。但要注意定期复诊，观察囊肿是否有变化。比如每1~2个月到医院让医生查看囊肿情况。不过这种情况比较少，因为囊肿可能会逐渐增大或者引起不适。激光治疗：激光治疗也是一种可选的方式，利用激光的能量破坏囊肿组织。但激光治疗后也需要注意局部护理，避免感染等情况发生，并且要根据囊肿具体情况来判断是否适合激光治疗。
术后注意事项
伤口护理：手术后要保持口腔局部清洁，可以用淡盐水漱口，每天3~4次。一般术后1周左右伤口基本愈合，但在这期间要避免吃辛辣、刺激性食物，像辣椒、麻辣烫等，以免刺激伤口影响恢复。复发预防：虽然手术切除了囊肿，但还是有一定复发几率。所以术后要养成良好的口腔卫生习惯，保持口腔清洁，而且要避免咬唇、咬颊等不良习惯，防止再次形成粘液腺囊肿。比如要纠正总是用牙齿咬嘴唇内侧等不好的习惯。