口腔粘液腺囊肿主要治疗方法有手术切除和激光治疗等。一般来说，手术切除是比较常用的治疗方式，完整切除囊肿及周围腺体，复发率相对较低。
手术切除治疗
局部麻醉下切除： 在口腔局部注射适量麻醉药物后，用手术器械将囊肿完整摘除。这种方法适用于较大的粘液腺囊肿，通过彻底切除病变组织来达到治疗目的。注意事项： 术后要保持口腔清洁，尽量避免食用辛辣、刺激性食物，一般1周左右伤口可逐渐愈合。
激光治疗
二氧化碳激光治疗： 利用二氧化碳激光的能量汽化囊肿组织。治疗时创伤相对较小，出血少，术后恢复较快。不过，激光治疗对于囊肿的大小有一定要求，较小的囊肿更适合激光治疗。术后护理： 激光治疗后要注意口腔卫生，按照医生要求使用一些促进创面愈合的药物，避免伤口感染，通常创面在数天内就能逐渐恢复。
保守治疗情况
观察随访： 对于一些较小的、无症状的粘液腺囊肿，有时可以先进行观察随访。但要密切关注囊肿的变化情况，如果囊肿有增大、破溃等情况，还是需要及时采取进一步治疗措施。不过这种保守观察并非适用于所有情况，对于有逐渐增大趋势的囊肿不建议长期观察。禁忌情况： 不能放任不管，若囊肿反复感染、影响进食等，就必须积极治疗，不能一直等待观察而延误病情。