治疗肠炎的药物选择需根据具体病情来定，一般来说，常用的有益生菌类药物和抗炎类药物等。比如益生菌类药物中，枯草杆菌二联活菌颗粒就常被用于调节肠道菌群，改善肠炎症状。
益生菌类药物
枯草杆菌二联活菌颗粒：它含有枯草杆菌和屎肠球菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，有助于缓解肠炎引起的肠道功能紊乱，对因肠道菌群失调导致的肠炎有一定作用。一般适用于各年龄段因肠道菌群问题引发肠炎的人群，但2岁以下儿童服用时需遵医嘱。双歧杆菌三联活菌胶囊：可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制肠道中对人体具有潜在危害的菌类甚至病原菌。对于肠炎患者，能帮助恢复肠道正常菌群环境，减轻肠炎症状，儿童和成人都可使用，但儿童用药需在医生指导下调整剂量。
抗炎类药物
柳氮磺吡啶：主要用于治疗溃疡性结肠炎等炎症性肠炎，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可以抑制前列腺素的合成，从而减轻肠道的炎症反应。但对磺胺类药物过敏者禁用，服用期间可能会出现恶心、呕吐等不良反应，用药时需密切关注自身反应。美沙拉嗪：也是治疗肠炎常用的抗炎药物，通过抑制肠道前列腺素的合成和炎症介质白三烯的合成，达到抗炎的作用，可用于溃疡性结肠炎的治疗。儿童使用时需要根据体重等情况调整剂量，孕妇和哺乳期女性使用需谨慎，应在医生评估后决定是否使用。
止泻收敛类药物
蒙脱石散：对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，同时对消化道黏膜有覆盖保护能力，能吸附肠道内的病原体和毒素等，起到止泻的作用。适用于各种肠炎导致的腹泻症状，儿童和成人都能使用，服用时需注意用适量温水冲服，且与其他药物服用最好间隔一段时间。药用炭胶囊：能吸附导致肠炎腹泻的气体、细菌及其产生的毒素等，从而发挥止泻作用。可用于肠炎引起的腹泻情况，但肠道出血患者禁用，儿童用药需在医生指导下进行，因为过量服用可能会导致便秘等问题。