胃肠道功能紊乱失调时，常用的药物有调节胃肠动力的药物、调节肠道菌群的药物等。比如莫沙必利可以促进胃肠动力，一般能缓解胃肠动力不足引起的相关症状；而双歧杆菌四联活菌片等调节肠道菌群的药物，可调整肠道内的菌群平衡。
调节胃肠动力的药物
多潘立酮： 能直接作用于胃肠壁，增加胃肠道的蠕动和张力，促进胃排空，一般可用于缓解消化不良、腹胀等症状，但要注意孕妇慎用。莫沙必利： 主要是通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的相关症状。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌三联活菌胶囊： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和肠球菌等有益菌，可直接补充正常生理性细菌，调整肠道菌群，抑制肠道中对人体具有潜在危害的菌类甚至病原菌。儿童可以在医生指导下使用，但要注意储存条件，需冷藏保存。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌则有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道功能。
缓解胃肠痉挛的药物
颠茄片： 能解除平滑肌痉挛，抑制腺体分泌，可用于胃肠道痉挛引起的疼痛，但青光眼患者禁用，孕妇及哺乳期妇女也要慎用。山莨菪碱片： 可使平滑肌松弛，并抑制其蠕动，用于胃肠道痉挛引起的疼痛等，但脑出血急性期及青光眼患者禁用。当然，除了药物治疗外，还需要注意调整生活方式，比如保持规律的作息、合理的饮食，避免精神紧张等。如果胃肠道功能紊乱失调的情况持续不缓解或反复发作，应及时就医，在医生的指导下进行进一步的检查和治疗，不要自行盲目用药。