胃肠道功能紊乱可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物来缓解症状，比如常用的有多潘立酮、莫沙必利等。一般来说，通过合理用药能在一定程度上改善不适，但具体用药需根据个体情况。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，可缓解腹胀、早饱、恶心、呕吐等症状，适用于功能性消化不良等引起的胃肠功能紊乱。不过，孕妇及哺乳期妇女慎用，已知对多潘立酮过敏者禁用。莫沙必利： 选择性地激动胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等消化道症状。但对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
助消化类药物
复方消化酶胶囊： 含有胃蛋白酶、胰淀粉酶、胰脂肪酶等多种消化酶，能促进食物消化，增进食欲，可用于因消化酶缺乏引起的胃肠功能紊乱。不过，急性胰腺炎患者和胆道完全闭锁患者禁用，对本品过敏者禁用。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用，适用于消化不良、肠功能紊乱等。但本品与抗菌药物、吸附剂合用时，会影响疗效，需间隔服用。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的胃肠功能紊乱，如腹泻、便秘等。不过，对本品过敏者禁用，应冷藏保存。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而可调整肠道菌群失调，改善人体微生态环境，达到治疗目的，适用于肠道菌群失调引起的肠功能紊乱，如急、慢性腹泻等。服用时应避免与抗菌药物同服，若必须服用，需间隔2-3小时。