胎记形成的原因目前尚未完全明确，一般认为可能与胚胎发育过程中某些因素有关。比如，部分胎记可能是由于基因变异引起的，据研究显示，约有10% - 15%的胎记与遗传因素有一定关联。
血管异常导致的胎记
毛细血管瘤：这是较为常见的一种血管型胎记，是由于胚胎时期血管发育异常所致。它通常表现为皮肤上有红色或紫红色的斑块，出生时即可存在或在出生后数周内出现。海绵状血管瘤：也是血管异常引起的胎记，是由扩张的薄壁血管组成的海绵状结构。一般在出生时或出生后不久出现，好发于头颈部等部位，瘤体大小不一。
色素沉着相关的胎记
太田痣：可能与胚胎发育时黑素细胞的移行异常有关。多发生在面部，呈现出灰蓝色、青灰色等色素沉着斑。一般在婴儿期或儿童期开始出现，且随着年龄增长可能会有所加深。咖啡斑：病因尚不十分清楚，可能与遗传因素有关。表现为边界清楚的圆形、卵圆形或不规则形的浅褐色至深褐色斑片，可在出生时或出生后不久出现，大小不等。
其他因素导致的胎记
蒙古斑：常见于有色人种新生儿，是由于胚胎发育时黑素细胞停留在真皮深部所致。多发生在腰骶部、臀部等部位，表现为蓝色或蓝黑色的斑片，通常在几年内可自行消退。伊藤痣：类似太田痣，可能也是黑素细胞在迁移过程中异常所致，好发于肩及上臂等部位，表现为淡青、灰蓝、褐青至蓝黑色的斑疹或斑片。