茯苓和茯神都来源于多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，但它们有明显区别。茯苓是整个菌核，而茯神是带有松根的茯苓。
来源与外观区别
茯苓来源： 茯苓是真菌茯苓的干燥菌核，多为不规则的块状。茯神来源： 茯神则是茯苓菌核抱持松根生长而成，外形多为方块状，表面淡棕色或黑褐色，有切断的松树根痕迹。
药性与功效区别
茯苓药性与功效： 茯苓味甘、淡，性平，归心、肺、脾、肾经，具有利水渗湿、健脾、宁心的功效。常用于水肿尿少、痰饮眩悸、脾虚食少、便溏泄泻、心神不安、惊悸失眠等。现代研究发现茯苓含有茯苓多糖等成分，能增强机体免疫功能等。茯神药性与功效： 茯神味甘、淡，性平，归心经，重点在于宁心安神，更侧重于治疗心悸、失眠、健忘等心神不宁的病症，相对茯苓来说，在宁心方面更为突出。
临床应用区别
茯苓临床应用： 在临床中，茯苓应用范围较广，比如治疗肾炎水肿，常与猪苓、泽泻等配伍；对于脾虚引起的消化不良、腹泻等，可与党参、白术等合用；对于失眠伴有脾虚等情况，也可配合使用。茯神临床应用： 茯神多用于心气虚弱、心神失养导致的失眠、多梦、易惊等，常与酸枣仁、远志、龙齿等配伍使用，来加强宁心安神的作用。