茯苓和茯神都来源于多孔菌科真菌茯苓的干燥菌核，但它们有区别。茯苓是整个菌核，而茯神是带有松根的茯苓。
来源与外观区别
茯苓来源： 茯苓是真菌茯苓的干燥菌核，通常呈类球形、椭圆形、扁圆形或不规则团块。茯神来源： 茯神是茯苓菌核中间抱有松根（即茯神木）的部分，形状多为方块状。
药性与功效侧重区别
茯苓药性与功效： 茯苓味甘、淡，性平，归心、肺、脾、肾经。具有利水渗湿、健脾、宁心的功效。常用于水肿尿少、痰饮眩悸、脾虚食少、便溏泄泻、心神不安、惊悸失眠等。比如对于脾虚引起的体倦乏力、食少便溏，茯苓可以发挥健脾作用来改善；在治疗水肿时，能通过利水渗湿减轻水肿症状。茯神药性与功效： 茯神味甘、淡，性平，归心经。相比茯苓，茯神更侧重于宁心安神。主要用于心悸失眠、健忘等心神不宁的病症。比如对于因心气不足或心血亏损导致的失眠、心悸等情况，茯神的宁心安神作用能起到一定的缓解作用。
临床应用区别
茯苓临床应用： 在临床中，茯苓应用较为广泛。比如在治疗泌尿系统疾病引起的水肿，常与猪苓、泽泻等利水渗湿药配伍使用；在调理脾胃虚弱相关病症时，常与党参、白术等健脾药同用；对于心神不宁但没有明显松根相关因素的情况，也可选用茯苓来宁心。茯神临床应用： 茯神主要针对以心神不安为主的病症。当患者出现心悸、失眠且明确与心神不宁相关时，茯神常被选用，多与远志、酸枣仁等宁心安神药配合使用。例如心脾两虚导致的心悸怔忡、失眠健忘，茯神可与黄芪、当归、龙眼肉等配伍，以起到更好的宁心安神、补益心脾的作用。