自然流产的主要原因较多，其中染色体异常是常见因素之一，约占50%~60%的早期自然流产。染色体异常包括数目异常和结构异常，比如常见的三体、单体等数目异常情况，会导致胚胎发育异常而引发流产。
母体因素：
内分泌异常： 女性的内分泌系统对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全是较常见的情况，约占30%的早期流产原因。黄体分泌的孕酮等激素不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，就容易导致流产。另外，甲状腺功能减退也会影响流产风险，甲状腺激素分泌异常会干扰胚胎的正常发育进程。生殖器官异常： 子宫畸形是其中一个方面，像纵隔子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎的着床和生长空间。据统计，有子宫畸形的女性自然流产发生率相对较高。此外，子宫黏膜下肌瘤等病变，也会阻碍胚胎着床或影响胎盘血液循环，增加流产几率。
父亲因素：
精子染色体异常： 男性精子的染色体如果出现异常，比如染色体数目或结构异常，那么受精卵就可能携带异常染色体，从而导致胚胎不能正常发育，引发自然流产。虽然男性精子染色体异常导致流产的比例相对不是最高，但也是重要因素之一。
环境因素：
化学物质接触： 女性如果接触过多的有毒化学物质，比如苯、甲醛等。长期处于含有这些化学物质的环境中，可能会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的发生风险。例如在一些化工工作环境中，长期接触相关化学物质的女性，自然流产发生率会高于普通人群。辐射暴露： 过量的辐射，像孕妇接受过高剂量的X线照射等，会对胚胎造成损害，干扰胚胎细胞的分裂和发育，进而引发自然流产。比如在一些医疗辐射检查中，如果防护不当，孕妇接受了不必要的高剂量辐射，就可能增加流产风险。