怀孕的前3个月（即妊娠早期）是胎儿器官形成的关键时期，这个阶段最容易出现畸形。在妊娠前3个月，胚胎正处于快速分化发育阶段，细胞分裂、组织器官形成等过程对各种致畸因素极为敏感。
胚胎着床至孕8周（妊娠早期）：关键分化阶段
细胞分化关键期： 在怀孕的前8周内，胚胎的各个器官系统正处于原始分化阶段。比如神经系统在孕3 - 8周迅速发育，心脏在孕22天左右开始形成，此时如果受到外界不良因素影响，像孕妇感染风疹病毒，就可能导致胎儿先天性心脏病、智力发育障碍等畸形问题。药物影响风险： 孕妇如果在不知情的情况下服用了一些致畸药物，如抗肿瘤药物、某些抗生素等，会极大增加胎儿畸形的概率。例如，孕早期服用异维A酸，胎儿出现唇腭裂、心脏畸形等的风险会显著升高。
孕9 - 12周（妊娠中期早期）：器官进一步完善
面部和五官发育： 孕9 - 12周时，胎儿的面部五官仍在持续发育。如果孕妇缺乏叶酸，胎儿可能出现唇裂、腭裂等面部畸形。这一时期孕妇如果接触过量的放射性物质，也会干扰胎儿面部及五官的正常发育。肢体发育情况： 胎儿的四肢在这个阶段也在不断生长成型，若孕妇患有糖尿病且血糖控制不佳，会影响胎儿肢体的正常分化，增加胎儿出现肢体畸形的风险。
孕13 - 28周（妊娠中期）：部分器官功能完善但仍需留意
神经系统持续发育： 虽然大部分重要器官已初步形成，但神经系统在孕中期仍在持续发育。孕妇如果受到严重的精神刺激，可能会影响胎儿神经系统的正常发育，增加胎儿出生后出现神经行为异常等问题的风险。听力等感觉器官： 胎儿的听力器官在孕中期开始发育，若孕妇长期处于高分贝噪音环境中，可能会损伤胎儿正在发育的听力细胞，影响胎儿听力的正常发展。不过相对前3个月，这个阶段胎儿畸形的总体风险较前3个月有所降低，但仍不能掉以轻心。