遗传因素
许多小孩耳朵畸形是由遗传因素导致的。例如，某些单基因遗传病或染色体异常可能引发耳朵发育畸形。研究表明，特定的基因变异会影响胚胎时期耳朵的正常发育过程，使得耳朵的形态、结构出现异常。如果家族中有耳朵畸形的遗传病史，那么后代出现耳朵畸形的风险会相对增高。这种情况下，遗传因素从胚胎发育早期就对耳朵的形成产生了关键影响，是导致小孩耳朵畸形的重要原因之一。
环境因素
孕期感染：孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒等，可能会影响胎儿耳朵的发育。风疹病毒可通过胎盘传给胎儿，干扰胚胎的正常组织器官发育，其中就包括耳朵的发育，增加小孩出生后耳朵畸形的几率。孕期的其他感染性疾病，如巨细胞病毒感染等，也可能对胎儿耳朵发育产生不良影响。
孕期接触有害物质：孕妇在孕期接触一些有害物质，像某些化学毒物、放射性物质等，也可能导致小孩耳朵畸形。例如，长期处于含有甲醛等有害化学物质的环境中，或者接受了不必要的高剂量放射性检查等，都可能干扰胎儿耳朵的正常发育过程，使得耳朵在形态结构上出现异常。
孕期药物影响：孕妇在不知情的情况下服用了某些可能导致胎儿畸形的药物，也可能引发小孩耳朵畸形。一些药物在孕期使用时会通过胎盘影响胎儿的发育，干扰耳朵发育相关的细胞分化、组织形成等过程，从而导致耳朵畸形的发生。
胚胎发育过程中的偶然因素
在胚胎发育的关键时期，可能会出现一些偶然的因素影响耳朵的正常发育。比如，胚胎期局部的血液循环障碍，会导致耳朵发育所需的营养供应不足，进而影响耳朵的正常形态构建。或者是胚胎在发育过程中受到机械性的压迫等，都可能干扰耳朵的正常发育进程，使得耳朵出现畸形。这种情况往往是比较随机发生的，但也是导致小孩耳朵畸形的原因之一，虽然发生概率相对较低，但确实存在这样的可能性。