月经干净后过两天又有一点褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.排卵期出血：如果月经周期规律，在两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，称为排卵期出血。出血量少，有的仅为咖啡色分泌物，一般2—3天可自行停止，最长7天。
2.功能性子宫出血：简称功血，主要是由调节生殖的神经内分泌机制失常所引起，它的表现通常是月经周期不规律，经量过多，经期延长或不规则出血。
3.服用紧急避孕药：服用紧急避孕药后，可能会导致撤退性出血，即月经干净后过两天又有一点褐色分泌物。
4.妇科疾病：如子宫内膜息肉、子宫肌瘤、子宫内膜异位症、慢性盆腔炎等，也可能导致月经干净后过两天又有褐色分泌物。
5.其他：如放置宫内节育器、宫颈炎等。
如果偶尔出现一次这种情况，出血量少，没有其他不适，可以先观察。如果经常出现这种情况，或者伴有其他症状，如腹痛、白带异常等，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并进行针对性治疗。